Після того як столиця Кримського ханства перемістилася з Кирк-Ора в Бахчисарай, місто почали заселяти караїми. Згодом древня фортеця стала зовсім караїмською й перетворилася на подобу столиці цього маленького народу. Татари стали називати Кирк-Ор новим ім’ям – Чуфут-Кале (Іудейська фортеця). Серед збережених будівель караїмського періоду в Чуфут-Кале найбільшу цінність являють собою дві кенаси, кам’яні стіни яких уписані в укріплення міста.
Так звана Велика кенаса побудована в 16 ст. Це прямокутний будинок зального типу із двосхилим дахом, оперезаний масивною кам’яною аркадою. У її стилістиці різні дослідники вбачають і вплив ренесансу, й турецькі мотиви. Мала кенаса, збудована в 18 ст., оточена стрункими дерев’яними колонами, зв’язаними дощатим парапетом.