На підтримку рішення Уніатського собору король Сигизмунд ІІІ видав універсал.
Константинопольський патріарх затвердив постанову Православного собору.
Отже, Берестейська унія остаточно розколола українську церкву та український народ і на століття викликала запеклу ворожнечу між обома сторонами. Більшість українського духовенства, шляхти, міщан, братств та селян залишилися при вірі предків. Польська влада стояла цілком на боці уніатської церкви. Король Сигізмунд III тільки її вважав легітимною, поступово знищував православну вищу ієрархію, обсаджуючи її уніатськими єпископами, відбирав у православних храми, церковні маєтки, монастирі й віддавав їх уніатам. Отже, ліквідація православ’я йшла також у низах — парафіях та монастирях. Українська шляхта на чолі з князем Острозьким намагалася перенести питання про захист православної церкви, так би мовити, на парламентський ґрунт, виступаючи з цього приводу на сеймиках і в сеймі, але без жодних наслідків.
Розгорілася також релігійна літературна полеміка між православними, з одного боку, та католиками й уніатами — з другого. З обох боків виступали видатні, талановиті автори. їхні твори, які поширювалися переважно в рукописах, були перейняті глибоким почуттям патріотизму. Художньою та публіцистичною силою вони викликали захоплення в читачів.
Православна полемічна література була сильною зброєю, що протистояла католицькому та уніатському наступам. Відомий діяч Львівського братства Юрій Рогатинець так починав свій твір: «Пересторога, зіло потребная на потомниї часи православним християнам, аби відали, яко некоторие єпископове не спасенія ради душ своїх, але для певних причин і дочасних пожитков от своєго патріарха одступили, і римському папежові в послушенство ся отдали, і великії замешанія в людях учинили ».
Ненависть до унії посилювалася, зростало бажання за будь-яку ціну зберегти батьківську віру. Найширші верстви українського народу на собі відчували, яким шляхом провадиться з’єднання церков, до якого насильства вдаються урядові кола, ш;об перемогти православ’я. Виникали міщанські й селянські рухи, посилювалася опозиція православних братств.
На початку XVII ст. на допомогу Православній Церкві, як представниці української національної ідеї, виступило козацтво, яке на той час уже було провідною верствою українського суспільства. Ставши на оборону релігійних і національних прав українського народу, вважаючи церковну справу однією з головних у політичній і соціальній боротьбі, козацтво солідаризувалося з духовенством, міщанством, селянством, українською шляхтою і взяло на себе відповідальність за майбутнє української нації.
Козацтво взяло під свою опіку Київ — центр національного релігійного життя. У 1610 р. козацький гетьман Григорій Тискеневич уперше прилюдно й гостро виступив від імені Війська Запорозького проти уніатів, що мали намір прибрати до рук церкви.
«Разом з народом православної віри, старовинної релігії, — заявив зокрема гетьман, — хочемо стояти при духовних особах, що не відступили і не відкинулись її, і проти завзяття напасників головами своїми її боронити». Намісника уніатського митрополита Іпатія Потія, священика Грековича, якого той прислав, щоб схилити київське духовенство до унії, козаки втопили в Дніпрі. Така ж доля спіткала пізніше ще одного посланця митрополита — шляхтича Околінського.
1620 р. славетний козацький гетьман Петро Конашевич-Сагайдачний узявся за відновлення вищої православної ієрархії. Він зумів переконати єрусалимського патріарха Теофана, який перебував у той час в Україні, висвятити нових єпископів. Висвячували їх у Києві, конспіративно, вночі, при тихому співі, вікна в церкві були забиті дошками. Митрополитом тоді став Йов Борецький — ректор Київської братської школи, а єпископами — найвизначніші люди з числа українського громадянства, зокрема Ме- летій Смотрицький.
Польська влада оголосила незаконним це висвячення. Теофана назвали турецьким шпигуном і хотіли заарештувати. Однак Сагайдачний зі своїми козаками взяв патріарха під охорону й супроводжував аж до кордону. Новопосвячений митрополит Йов Борецький і єпископи у своїх посланнях заявляли: «Ми не шпиги, ані ховаємо шпигів. Ми громадяни цієї землі, добре і чесно уродзоні… Заступаємось за те, що лишили нам наші предки, до чого нам дають право Божі і людські закони та звичаї і більше як шістсотрічне вживання. Проповідуємо ту саму віру, що й попередники наші. Ні на чиє життя і ні на чиє майно не наступаємо. Волостями, містами, замками не володіємо. Кривд, злочинств, насильства не чинимо. На війну християн не зазиваємо, убивати не вчимо… Не на панування і розкоші пішли ми, і ніякий страх, ні кари, ні муки не відвернуть нас від справжньої віри і служби Богові». Водночас вони застерігали від насильства, яке ніколи не дає добрих наслідків, а веде до руїни: «Щоб через такі вчинки, в кривді і безправності так значній, нарід руський не прийшов до якогось розруху».
У 30-ті pp. XVII ст. політична, соціальна, національна, ідейна конфронтація в Україні досягла особливої гостроти й вибухнула козацько-селянськими повстаннями, а потім і Національно-визвольною війною під проводом Б.Хмельницького. Одним із гасел повстань була боротьба проти унії.
На оборону православної віри, проти панування поляків став весь український народ.
Треба, однак, відзначити, що, хоча в першій половині XVII ст. унія несла в Україну ідеологію чужоземних феодалів, польських магнатів, шляхти і королівської влади, у майбутньому, з австрійських часів, уніатство пережило певну історичну трансформацію.
Сподівання уніатів зрівнятися в правах з католицьким духовенством не виправдалися. У королівському універсалі від 15 грудня 1596 р. вже й згадки не було про право уніатських єпископів засідати в сенаті, незважаючи на те, що Папа звертався з цього приводу до короля.
Польська католицька церква дивилася на уніатську не як на рівноправну, а як на неповноцінну і вживала заходів, щоб та цілковито відмовилася від усіх своїх догматів, історичних традицій і обрядів. Королівська влада використовувала уніатську церкву тільки як знаряддя для знищення православ’я. Водночас українська православна громадськість ненавиділа уніатів за зраду.
У 1646 р. відбулася Ужгородська унія, яка стосувалася українських земель, що перебували під владою Угорщини (Закарпаття).
У ХѴПІ ст. унія поширилася на Правобережжя, і це загострило існуючий антагонізм. Навіть втративши після поділів Польщі політичну владу на Правобережній Україні, польські магнати й шляхта все ж зберігали там економічне й духовне панування.
На тій частині українських земель, які після розділів Речі Посполитої потрапили під владу Російської імперії, унія була ліквідована царським урядом у XIX ст. Оскільки уніатська церква сприяла поширенню освіти серед українського народу, захищала його духовність і ментальність, у такій якості вона не сприймалася російськими колонізаторами.
Однак уніатська церква збереглася в Галичині, що була під владою Австрії. На цих теренах унія, як писав митрополит Андрій Шептицький, «рішуче відокремилася від цієї злощасної політики і повернулася до чисто церковної ідеї». Лише за такої умови унія із знаряддя полонізації стала чинником збереження самобутності українців і з кінця ХѴІП ст. міцно закорінилася в Галичині.
Після Другої світової війни, в 1945-1950 років, радянська влада остаточно знищила греко-католицьку церкву, провівши «з’їзди» у Львові, Мукачеві, Пряшеві. У наступний період греко-католицьку віру могли вільно сповідувати лише на еміграції. Із здобуттям Україною незалежності греко-католицька церква відновлена.