Тимчасове замирення з поляками Хмельницький використовував як для підготовки до продовження війни, так і для запровадження на Україні нової адміністрації. Козацькою шаблею були зметені всі польські установи, але це не спричинилося до анархії. Адміністративно-територіальними одиницями стали полки і сотні; полковники, сотники і городові отамани зосередили у своїх руках не тільки військову, але й політичну владу. Гетьу манський апарат будувався за зразком Запорозькі Січі. Найвищим органом влади була рада, на якій кожен козак міг виступати й голосувати. Рада обирала гетьмана, здійснювала судочинство. Функції своєрідної «малої ради» — сенату виконувала рада старшин. Вєнєг ціанський посол Альберто Віміна, який мав можливість спостерігати за її роботою, дав старшинській раді досить високу оцінку. «В сенаті козаки обмірковують справи, підтримують свій погляд без сварки і з метою допомагати загальному добру. Якщо признають кращою думку інших, то не соромляться цього, без упертості відмовляються від власного погляду і приєднуються до більш правильного».
у дипломатичних заявах Хмельницький не раз підкреслював свою залежність від старшинської ради, особливо в питанні козацьких вольностей. На настійні вимоги російського уряду про видачу самозванця Г. Акундінова, який видавав себе за сина В. Шуйського, гетьман заявив: «Здесь казаки, вольность всякая: человеку волно к нам приехать отовсюду и жить беспечно; отдать мне его без войскового ведома нелзе».
Звичайно увесь цей демократизм існував здебільшого «в ідеалі»; на ділі ж влада гетьмана була майже нічим не обмеженою, аж до права на смертну кару. Оскільки компетенції різних органів влади не були чітко окреслені, діяло здебільшого звичаєве право, підкріплене особистим авторитетом Богдана. Хоча іноземні посли часто іменували генерального писаря канцлером, вони у даному випадку приймали бажане за дійсне: гетьманська канцелярія відігравала при Хмельницькому лише допоміжну роль. Козацькі сотники й отамани у своїх листах іменували Хмельницького «государем нашим». На вимоги путивльських воєвод врегулювати прикордонні непорозуміння миргородський полковник М. Гладкий відповів: «О чом вам потребно, пишите до его милости пана гетмана до Чигирина… а без розказа-ня пана гетмана не почну нічого».
Непросто збагнути, як вдавалося Хмельницькому в екстремальних умовах війни дотримуватися своєрідного балансу двох взаємовиключних принципів: суворої дисципліни і козацького народоправства. Але винятковий адміністративний талант гетьмана виявлявся не тільки в цьому. Якимось чином йому вдавалося узгоджувати
багато в чому протилежні інтереси козацької старшини, яка мріяла про здобуття шляхетських привілеїв, і селян, козацької «черні». Завдяки його зусиллям значною шрою згладилися суперечності між запорозьким і «городовим» козацтвом. Мабуть, йому допомагали в цьому ті особисті якості, про які писав у своїх подорожніх нотатках сірієць Павло Халебський (Алеппський). «Цей Хмель,— зазначав він,— є муж похилих років, але щедро наділений дарами щастя: безхитрісний, спокійний, мовчазний… Всякий, хто побачить його, здивується і скаже: «Так ось який він, цей Хмель, чия слава і ім’я рознеслись по всьому світу». Як нам передавали, у франкських землях створювали у похвалу йому поеми й оди на його походи, війни з ворогами віри і завоювання. Хай його зовнішність непоказна, але з ним бог, а це велика справа».
Можливо, згадка про поеми і оди — лише данина східній схильності до гіпербол? Але ж і надто стримані в почуттях британці вдавалися у характеристиці українського гетьмана до «високого стилю». Преса революційної Англії, зокрема газета «Модерейт інтелінджен-сер», майже в кожному номері давала інформацію про події на Україні, виявляючи особливий інтерес до дипломатії «козацького генерала». Вождь англійської буржуазної революції Олівер Кромвель називав його «імператором всіх козаків запорозьких», «грозою і винищувачем аристократії Польщі», «завойовником фортець ».
Визвольна війна на Україні і англійська революція XVII ст.— тема, яка ще чекає на своїх дослідників. А проте аналогії «Англія — Україна» і «Кромвель — Хмельницький» міцно утвердилися у західноєвропейській літературі ще по свіжих слідах подій. Італійський історик М. Бізаччіоні у двотомній «Історії громадянських воєн останнього часу» (Венеція, 1654) перший том відвів англійській революції, а другий — визвольній війні на Україні. Француз П’єр Шевальє, який вважав себе історіографом українського козацтва, називав Богдана Кромвелем, який «вдруге з’явився на Русі», підкресливши, що український гетьман не поступався знаменитому англійцю честолюбством, хоробрістю та спритністю. Він зауважив, що Хмельницький привів у рух величезний механізм і наводив жах на королівство, якого не могли похитнути ні всі могутні держави християнського світу, ні навіть могутня імперія турків».
Оди й дифірамби на адресу Хмельницького не дають нам, проте, ані найменшої підстави для його ідеалізації.
Ті потоки славослів’я, які лилися з сторінок ювілейних радянських видань (гучно відзначалось і 300-річчя, і 325-річчя возз’єднання України з Росією), досягали, як правило, зворотнього ефекту. Сусальний, канонізований образ Богдана навіть віддалено не нагадував реальний прототип гетьмана-бунтаря, сина свого неспокійного часу. Багата натура Хмельницького була зіткана із, здавалося б, непримиренних суперечностей — популіст-демократ легко перетворювався у властолюбного деспота — «самодержця», безстрашний воїн на полі бою обертався приниженим прохачем у ханських передпокоях. Суворість Хмельницького часто переходила у холодну жорстокість, непересічний розум міг служити водночас і високим і низьким цілям. Повторимо ще раз: такою була епоха. Хіба той самий Кромвель не видавав безприкладну жорстокість у придушенні опору ірландців за божий суд над «варварами й негідниками»?
А проте «українському Кромвелю» доводилося розв’язувати ще складніші завдання, ніж знаменитому вождеві англійської революції. Як би там не було, але Кромвель міг спиратися і на уже сформований державний апарат, і на парламентську традицію. Хмельницький же створював свою державу заново. Військо, фінанси, адміністрація, податки — все це в екстремальних умовах визвольної війни вимагало величезного напруження сил. Справа ускладнювалася невизначеністю відносин Війська Запорозького з Польщею. І якщо Україна уникла при цьому хаосу, то у значній мірі завдяки авторитету й впливу гетьмана.
Нове зіткнення урядових і повстанських військ відбулося влітку 1649 р. Оточивши у Збаражі значну частину шляхетської армії на чолі з Вишневецьким, Хмельницький разом із своїми головними силами рушив назустріч королю Яну Казіміру III, який вів своє військо на допомогу обложеним. Військова фортуна знов була на боці Богдана, він навіть мав змогу взяти в полон самого короля, але несподівано віддав наказ козакам припинити атаку. Чергова втрачена можливість (певну роль відіграла тут і зрада кримського хана) змусила Хмельницького піти на компроміс і підписати мирну угоду, яка явно не відповідала ні обстановці, ні народним сподіванням. Погодившись на 40-тисячний «реєстр», він лишив поза козацьким станом (а значить і в підлеглості колишнім і новим власникам) основну масу повсталих і цим відвернув від себе ту «чернь», на вірність якій не раз присягав.
Соціальна політика і надалі лишалася найуразливішим пунктом у стратегії Хмельницького, Та ж сама рука приисувала і заклики до «покозачення» селян, і універсали про виконання «звиклого послушенства». Відтоді як селяни, що винесли на своїх плечах основний тягар війни, опинилися у підданстві нових власників землі маєтків, ореол слави Хмельницького як народного вождя почав меркнути. Серед прибічників гетьмана почалися незгоди, що негайно позначилося і на воєнних успіхах повстанців. В. Винниченко з цього приводу писав: «Поки Хмельницький мав «орієнтацію» на внутрішні сили, на народ, поки зв’язував козацьке національно-державне визволення з визволенням соціальним і політичним всього народу.., доти він мав перемоги над Польщею та над усіма зовнішніми силами, які вона кликала собі на поміч. Коли ж… вигнані польські пани почали замінятися панами українськими, вилупленими з козацьких полковників,— так колишній ентузіазм народу, який творив перемоги, почав опадати і Хмельницький почав мати поразки за поразками»
Зборовський договір, підписаний королем, не був затверджений польським сеймом; отже, війна тривала. Страшна поразка під Берестечком змусила Хмельницького піти на нові компроміси; проте і дискримінаційний для України Білоцерківський мир польський сейм не затвердив. І все ж Хмельницький вірив, що потенціал народної непокори ще не вичерпаний: «протягом такого довгого часу майже кожний чоловік на всій Україні користувався вольностями, і трудно буде йому про це забути». Дводенний бій під Батогом (травень 1652 р.) підтвердив цей прогноз: польське військо зазнало чергової нищівної поразки. Реванш за Берестечко було взято; Білоцерківський мир повністю скасовано. Будь-які переговори з Польщею Хмельницький тепер погоджувався вести лише при посередництві російського царя. Все частіше в його зносинах з польським урядом звучать заяви про необхідність «шукати іншого постороннього володаря і чужої сили для своєї оборони».
А втім польський уряд не дуже зважав на заяви Хмельницького; листування з ним нового коронного гетьмана Потоцького велося в тоні образ і погроз, а рейди польського війська вглиб української території відзначалися неймовірною жорстокістю. Уже не тільки Хмельницькому, але й усьому старшинському корпусу було ясно: надії на автономний устрій України у складі Польщі безгрунтовні.
Які ж альтернативи бачив у такій ситуації український гетьман? Про те, що ним обмірковувалися принаймні дві з них, свідчив його виступ на Переяславсікій раді. Одною з альтернатив була турецька; думка про те, що вона зразу ж була Хмельницьким відкинута, не відповідає істині. Якщо вірити Івану Виговському, то задовго до Переяслава на раді з усіма полковниками Хмельницький пропонував прийняти підданство султана. М. Аркас пише у цьому зв’язку про намір гетьмана створити федерацію з південнослов’янських і неслов’янських народів під опікою Туреччини.