Проникнення Реформації та ідеології гуманізму в Польщу істотно вплинуло на політичну поведінку шляхти.
Під впливом нових ідей у шляхетському середовищі формується так званий рух «екзекуції прав», спрямований проти магнатів як соціальної групи, що мала політичні й майнові переваги і становила головну перешкоду середній шляхті на шляху до гегемонії в державі. Екзекуціоністи домагалися також церковної реформи, повернення заставлених королівських земель, що їх магнати намагались утримати за собою, впорядкування судочинства, нормалізації роботи фіскального й військового апаратів, уніфікації держави. Тобто вони прагнули зміцнення центральної влади і забезпечення переваги середньої шляхти, ліквідації породжуваних магнатерією відцентрових традицій, з одночасним утриманням в залежності міщанства й селянства. Сейму відводилася головна роль у здійсненні програми екзекуціоністів. Вони чинили тиск на короля з метою відірвати його від магнатерії і зробити прибічником шляхетського руху.
Воєнно-політична ситуація на початку 60-х років виявилася сприятливою для здійснення намірів екзекутивної партії. Сигізмундові II Августу не вдалося завадити московському царю Івану Грозному ліквідувати татарські держави – Казанське і Астраханське ханства (1552, 1556), що розв’язало Москві руки для наступу на заході. У 1557 р. російські війська вторглися в межі Лівонського ордену, намагаючись вийти до узбережжя Балтійського моря. В цих умовах Литва зважилася на воєнні дії. Спроба литовських можновладців і Сигізмунда II Августа вести війну лише силами Литовсько-Руської держави зазнала невдачі. В лютому 1563 р. російські війська здобули Полоцьк, що було сильним ударом для Литви. Сигізмунд-Август переконався у явній недостатності підтримки магнатів, які не могли дати ради сильно зростаючому невдоволенню шляхти.
Лівонська війна викликала гостру кризу Великого князівства Литовського як окремого державного організму. Вона була надзвичайно непопулярною на Україні, особливо серед православної української шляхти. Відгомоном цих опозиційних настроїв був бунт зем’ян у військовому таборі під Вітебськом, очолюваний волинським аристократом Бокієм. Під впливом всіх зазначених подій українське боярство і зем’янство рішуче домагається звільнення з-під впливу панів-рад. Більшість цих нащадків давньоруських дружинників хоча й володіли земельною власністю, проте лише за ленним (умовним) правом, а не за правом повної власності, істотно залежачи від великих ленників – колишніх удільних князів та інших литовсько-українських магнатів. Українське боярство приваблював польський станово-суспільний лад з його шляхетськими вольностями і правами. Введення такого ж устрою в Литовській державі обіцяло йому юридичну рівність з магнатами, набуття прав повної земельної власності, закріпачення селян і, нарешті, зменшення залежності від великокняжої влади й набуття впливу на перебіг політичних справ в державі. Зі згаданого табору під Вітебськом всупереч волі магнатів литовсько-українська шляхта надсилає петицію до великого князя і короля з проханням здійснити унію з Польщею. Таким чином, польська екзекутивна партія знайшла собі нову і досить могутню підтримку. Сигізмунд II Август у цій ситуації вирішив змінити союзника і пішов на зближення зі шляхтою. На Пйотрковському сеймі (1562) було проголошено «екзекуцію маєтностей», яка мала повернути королівщини, роздані до 1504 р., до королівського скарбу. Наступні «екзекуційні сейми» у 1563–1564, 1565, 1566 і 1567 роках посилили вплив шляхетської демократії на політичне життя. Екзекуційний рух, одержавши підтримку короля, багато зусиль докладав до повного об’єднання Литовської держави з Польщею. Спираючись на Сигізмунда II Августа, литовсько-українсько-білоруській шляхті, як уже зазначалося, вдалося запровадити на польський зразок свої станові повітові сеймики, вибори сеймових депутатів, нове судочинство тощо. Шляхта Великого князівства Литовського, таким чином, діставала можливість безпосередньо впливати на вирішення державних справ, що завдавало значного удару політичній могутності магнатерії. В результаті позиції прибічників об’єднання істотно зміцнилися. До цього слід додати, що і частина литовсько-руських магнатів схилялася до компромісу з Польщею задля зміцнення позицій у боротьбі з Москвою. Нарешті, смерть Сигізмунда-Августа, який не мав нащадків, загрожувала остаточно розірвати зв’язки обох держав, що також посилювало небезпеку для Литви з огляду на російську експансію.
У 1563–1564 рр. у Варшаві розпочалися польсько-литовські переговори про унію. Під час переговорів Сигізмунд-Август зрікся своїх спадкових прав на Литву з тим, аби сприяти її об’єднанню з Польщею. Проте литовська сторона не прийняла королівської декларації, погоджуючись лише на слабкий зв’язок зі збереженням Литовської держави як окремого політичного організму.
У січні 1569 р. в Любліні скликано сейм з участю представників Литви, який мав вирішити питання про унію обох держав. Литовські магнати цього разу змогли утримати представників шляхти під своїм контролем, і спільний сейм перетворився на засідання двох фактично окремих сеймів. Переконавшись, що король польський і великий князь литовський Сигізмунд II Август готовий підтримати польські домагання, литовські магнати 1 березня 1569 р. вночі таємно залишили Люблін разом із представниками інших станів. Однак це не зупинило польську сторону, яка вирішила діяти без литовських представників, що, на їхню думку, незаконно залишили сейм. Під тиском польських сенаторів король підписав грамоту про приєднання до коронних земель Волині і Підляшшя і закликав депутатів цих провінцій до участі в сеймі під загрозою конфіскації маєтків і позбавлення посад. Незадовго до цих подій на Підляшші, де осіло чимало польської шляхти, а частина православних зем’ян вже була сполонізована, було приписано вживання української (руської) мови в місцевих урядах. Боячись втратити свої привілеї, волинські магнати і шляхта присягнули на вірність польській короні. Найдовше зволікали зі складанням присяги волинські магнати – князі О. Чарторийський, К. Острозький, Б. Корецький, К. Вишневецький – впливові представники української аристократії, для яких Волинь була головною твердинею. У спеціальній заяві, виголошеній князем Костянтином Вишневецьким, що мала бути певним застереженням королю, зазначалося: «Заявляємо вашій королівській милості, що ми пристаємо (до Польщі) людьми вільними й свобідними, з тим щоб не були ми понижені в наших чеснотах шляхетських, бо ми нарід настільки благородний, що не попустимо першинства ніякому іншому народові на світі…» Проте після відповіді короля: «Я поступлю по праву», – що загрожувало застосуванням репресій, вони припинили опір і склали присягу. В результаті литовські вельможі – прибічники незалежності Литви – опинились у скрутному становищі. Війна з Москвою і відсутність підтримки з боку українських магнатів і шляхти робили для них неможливою організацію серйозного опору домаганням польських експансіоністів. Вони були змушені повернутися на сейм і продовжити переговори про унію. Такий легкий успіх спонукав польських політиків до розширення своїх територіальних претензій. Вони виступили з вимогами включення до складу Польщі Брацлавщини (Східне Поділля) й Київщини і, подолавши слабку опозицію, добилися прилучення до Польщі тих українських земель, що досі перебували у складі Великого князівства Литовського. В серпні 1569 р. закінчився Люблінський сейм, який об’єднав Литву і Польщу в одну державу з одним спільним сеймом. Литва зберігала деякі елементи автономії лише в межах своєї етнічної території й, частково, Білорусії. Під владою Польщі опинилися майже всі українські землі, що поділялися тепер на такі воєводства: Руське (Галичина) з центром у Львові, Белзьке (Белз), Подільське (Кам’янець), Волинське (Луцьк), Підляське, Брацлавське (Вінниця), Київське (Київ), Берестейське (Берестя), згодом – Чернігівське (Чернігів).