Першою реакцією на незадовільний стан православної церкви був перехід до лав реформаторства багатьох представників шляхти.
Люблінська унія сприяла зміцненню реформаційного руху на українських землях. Особливого поширення набуває антитринітаризм, який одержав собі могутнього патрона в особі магната Яна Кишки, одруженого зі старшою донькою князя Костянтина Острозького – Гальшкою. Ян Кишка передав социніанам у своїх володіннях значну кількість костьолів і православних церков, заснував низку шкіл і друкарень. На Україні сферою його діяльності була переважно Берестейська земля. Однак після смерті Кишки у 1592 р. діяльність социніан у цьому регіоні поступово слабшає і занепадає.
Більш міцними були їхні позиції на Волині, де антитринітарії дістали підтримку низки представників місцевого панства. Князь Курбський – ревний поборник чистоти православної віри, який понад двадцять років прожив на цій землі – скаржився у листі до князя Острозького, що чимало людей кинулись у «пропасть єреси лютерскія і других розлични сект». Серед останніх переважали антитринітарії. Їх покровителем був каштелян київський Іван Чаплич-Шпановський, який дав притулок у своєму маєтку багатьом представникам цієї єресі. Аріяни користувались явною і прихованою підтримкою князя Острозького, який мав у своєму найближчому оточенні аріянських вчених-богословів, учителів тощо. Серед них – Мотовило, автор ненадрукованої відповіді на книгу єзуїта Петра Скарги «Про єдність церкви Божої», Христофор Філалет-Бронський — автор славнозвісного «Апокризиса», видрукованого в острозькій друкарні, слуга князя – володимирський «писар гродський» Ст. Кандиба та інші. Прибічниками аріянства вважалися і такі українські магнати, як князі Януш Заславський та Володислав Збаразький, котрі, однак, невдовзі перейшли у католицтво. Аріянами були зв’язані з Острозьким каштелян київський Роман Гойський та маршалок двору князя Гавриїл Гойський, зусиллями яких утримувалась аріянська школа у місті Гощі Острозького повіту. Серед інших центрів социніанства на Волині були містечка Киселин, Ляхівці, Берестечко.
До кінця XVI ст. протестанти – переважно социніани – поширили свою діяльність на Поділля, де у місті Хмельнику було засновано социніанську школу, і Київщину. За деякими даними у Київському воєводстві налічувалося близько 500 протестантських церков (1570). У цьому регіоні одними з чільних представників реформаційного руху були українські магнати Немиричі, які належали до старовинної великопанської родини Київської землі. Про економічну потугу цього роду свідчить те, що один з них був власником 30 міст та містечок і 300 сіл. Степан Немирич, вихований вже на догматах аріянства, був обраний київською шляхтою на почесну посаду підкоморія київського. Перехід Немиричів до аріянства наближує їх – як і десятки інших українських панських родин – до західноєвропейської культури, проте водночас вони втрачають зв’язки з українським оточенням, серед якого їхні предки жили впродовж багатьох поколінь. Так, підкоморій Степан бере участь у придушенні козацького повстання 1625 р. і у роботі урядової комісії, що зменшила козацький реєстр до 6000 (Куруківська угода). Проте його сини (Юрій, Степан і Володислав), хоча й були активними прибіч-никами аріянства, відновлюють зв’язок зі своїм народом й беруть активну участь в українському державному будівництві за часів Б. Хмельницького та І. Виговського.
Протестанти і православні виступали союзниками у боротьбі проти наступу католицизму. В серпні 1594 р. у розпал боротьби з прибічниками унії князь Костянтин Острозький звертається до протестантських лідерів із закликом до солідарних дій з огляду на порушення релігійної толерації, що допускалися королем та урядом. Під час з’їзду протестантів Польщі і Литви у Торуні він надсилає грамоту до його учасників, в якій висловлює переконання, що православні мають виступати разом з протестантами проти католицьких інтриг і з огляду на нелояльну поведінку короля. Князь запевняв, що він може виставити п’ятнадцять тисяч війська і стверджував, що за спільного та енергійного опору уряд не наважиться на жодні насильства щодо обох конфесій.
Навесні 1599 р. у Вільно відбувся з’їзд православної і протестантської магнатерії і шляхти. Протестантська сторона з метою зміцнення міжконфесійного союзу запропонувала ідею своєрідної релігійної унії з православними. Ця ініціатива була підтримана К.Острозьким, який мав рекомендувати кілька духовних осіб для порозуміння у релігійних питаннях, і сам виступив на з’їзді із закликом до злуки двох церков. Проте православне духовенство досить прохолодно поставилось до можливих поступок у догматичних питаннях і тому було вирішено обмежитись укладенням політичного союзу. Було утворено конфедерацію, яка постановила виступати солідарне і православним, і протестантам на всіх щаблях, діяти спільно в інтересах охорони обох конфесій від можливих зазіхань уряду.
Ця взаємодія православних і протестантів Речі Посполитої набула загальноєвропейського значення, оскільки перебувала в одному контексті з глобальною протидією Контрреформації і формуванням на цьому грунті воєнно-політичних союзів в Європі – під час Тридцятилітньої війни і згодом. Ось чому видаються цілком логічними пізніші контакти українського козацтва зі шведським королем Густавом-Адольфом, спроби налагодження зв’язків Олівера Кромвеля з Богданом Хмельницьким, утворення коаліції новопосталої козацької держави з протестантськими країнами Швецією, Бранденбургом, Литвою, Трансильванією і, нарешті, перехід одного з найбільш впливових аріян – українського магната Юрія Немирича до козацького табору.
Надзвичайно важливу роль як у контактах православних з аріянами, так і у поширенні ідей аріянства в усьому східнослов’янському світі відіграє польське місто Раків на Радомщині, яке з кінця XVI ст. стає центром цього напрямку протестантизму в Речі Посполитій. Тут було засновано аріянську академію, яка дуже швидко набула великої популярності серед тогочасної інтелігенції. Власники Ракова – Сенінські, гарячі прибічники нової віри – засновують тут також друкарню, де видається чимало полемічної аріянської літератури латинською, німецькою та іншими мовами. У заснуванні академії брали участь поряд з польськими діячами українські социніани. Цей навчальний заклад, де навчалося до 1000 учнів, став надзвичайно притягальним для дітей православної української і білоруської шляхти, і навіть католицької. Головну увагу тут приділяли вивченню діалектики, аби вихованці могли успішно відстоювати свою віру; разом з тим, вивчалися мови, географія, математика тощо, тобто все те, що належало до гуманістичного виховання. Професорами в академії були найвидатніші аріянські проповідники – Криштоф Остерод, Мартін Руар, Андрій Войнаровський та інші. У Ракові відбувалися регулярні релігійні і філософські диспути, на які з’їжджалися аріяни з Німеччини, Франції, Англії, Шотландії; їх постійними учасниками були аріяни з волинського і київського воєводств. Звідси велося листування з найвидатнішими представниками освіченої Європи. Особливого значення набули «Раковські виклади» Фауста Социна, з якими він виступав незадовго до своєї смерті. В них він торкався широкого кола проблем – розуміння Бога, релігії, людини, моралі. В релігії Социн переносив центр ваги з віри і пізнання на діяльність і виконання етичної програми життя. Для нього умовою спасіння людини є сукупність вчинків, що грунтуються на вільному виборі людиною певних моральних імперативів, навіть якщо вони не збігаються з її бажаннями і потребують переборення останніх. Переключення теософії на етику, її дальша раціоналізація створювали підгрунтя для «релігії розуму» і «філософії розуму», з яких почалася епоха Просвітництва.
У Раківській друкарні поряд з численними доктринальними творами, що їх з цікавістю читали в усій Європі, друкувалися і твори українських письменників-полемістів, спрямовані проти Берестейської релігійної унії. Серед них – «Апокризис» і «Ектезис або коротке зібрання прав, які відбувалися на партикулярному синоді в Бересті Литовському 1597 р.». Ці твори приваблювали аріян насамперед своєю антикатолицькою спрямованістю. Чи не найважливішою рисою Раківського аріянського центру була його релігійна толерантність, яка давала можливість для одержання освіти і культурного вдосконалення не тільки аріянам, а й католикам, кальвіністам, православним.
Социніанство, яке пов’язувало спасіння людини не стільки з вірою, що спирається на розум або пізнання, скільки з моральним самовдосконаленням і моральними вчинками, робило етику чи не найважливішою дисципліною у Раківській академії. Разом з тим, погляди социніан вже істотно відрізнялися від догматів ранніх антитринітаріїв, які заперечували участь у державних справах, війнах і навіть необхідність захищати своє життя. Навпаки, социніани починають приділяти питанням участі в державному житті значну увагу. Для них держава стає знаряддям секуляризації суспільного життя, консолідації нації, пробудження патріотизму. Згодом ці погляди знаходять продовження у працях визначного голландського юриста-філософа Гуго Гроція, творця першої системи міжнародного права. Прагнення до мирного і розумного співжиття социніани вважали таким, що належить людській природі і не суперечить засадам особистої вигоди. Тому норми, які випливають з потреб розумного співжиття, є загальнообов’язковим природним правом, що стосується всіх, незалежно від різниць релігійних і національних.
Саме до участі у політичних і державних справах почала готувати своїх вихованців Раківська академія, ставлячи головною метою вирішення практичних, цілком світських проблем. Тому поряд з етикою важливим предметом викладання тут стала політика, що спиралася на грунт історичних знань.
Антитринітарські ідеї рівності, братерства, любові, високої моральності, які прищеплювалися в раківській системі освіти, знаходили сприятливий грунт в українському суспільстві. Недаремно, коли католицька реакція ліквідувала усі раківські культурно-освітні установи, вони продовжили діяльність у Киселині на Волині. Певний час Киселин відігравав роль центру социніанства, яке знаходило підтримку багатьох діячів українського національно-визвольного руху.
Діяльність реформаторських громад, в тому числі й социніан, здійснювалася в контексті формування національної свідомості, консолідації всіх національних сил і творення національних держав. Одним з визначних моментів цього процесу було застосування живої народної мови в церкві. Саме задля цього у багатьох країнах Європи розпочався переклад Біблії і насамперед Євангелія на національні мови. На Україні з’являється Пересопницьке Євангеліє (1556–1561), Євангеліє В. Тяпинського (близько 1570), Новий Заповіт Негалевського (1581) та інші. Причому українські переклади здійснювались, як правило, з протестантських джерел. Оночасно в українських церквах залунали проповіді і літургія народною мовою. Характерне у зв’язку з цим застереження Івана Вишенського – консервативного поборника давніх традицій української церкви, супротивника будь-яких новацій: “Євангелия и Апостола в церкви на литургии простым языком не выворочайте; по литургии же для вырозуменья людского попросту толкуйте и выкладайте; книги церковные все и уставы словянским языком друкуйте». Ці висловлювання Вишенського свідчать, що вживання української народної мови в церкві вже набуло великих масштабів. Ставши мовою церковних книг і богослужіння, вона водночас ставала і мовою літератури. Поширення протестантизму на Україні у вигляді аріянства відіграло важливу роль у засвоєнні українським суспільством новітніх західноєвропейських філосоіських течій, суспільно-політичних і науково-культурних здобутків.