Однак найважливішим було те, що Швеція мала визнати Україну вільною державою і обороняти її волю та незалежність. Шведський король Карл X Густав зобов’язувався добитися визнання Польщею незалежності України, а також приєднання до неї західноукраїнських земель, зокрема тих, які визнали протекторат Української Гетьманської держави під кінець гетьманування Хмельницького. Це — Волинь, Полісся, а також Білорусія. Виговський мав намір утримати в межах козацької держави всі українські землі до Вісли та кордонів Пруссії.
На Корсунській раді було укладено перемир’я з Польщею, від якої Україну відділяла смуга між Случчю й Горинню. Одночасно Виговським був поновлений союз із Туреччиною. Новий гетьман продовжив політику Богдана Хмельницького щодо Кримського ханства.
Узагалі ж Виговський прагнув підтримувати приязні стосунки з усіма сусідніми державами, не віддаючи жодній із них особливої переваги. Він вважав, що система міжнародної рівноваги забезпечить Україні незалежність.
На Корсунській раді 1657 р. виявилися розбіжності в політичній орієнтації української козацької старшини.
27 жовтня 1657 р. в Києві, на Подолі, у Братському монастирі, відбулася урочиста церковна церемонія освячення виборів нового гетьмана в присутності царських воєвод. Чернігівський єпископ Лазар Баранович покропив свяченою водою гетьманські клейноди — булаву, шаблю і бунчук.
Тут був присутній царський посол Артамон Матвєєв. Він привіз царську грамоту, в якій Виговський називався не гетьманом, а генеральним писарем. Отже, цар не визнав обрання Виговського, посилаючись на однобічно внесену царським урядом поправку до «Статей Богдана Хмельницького» (тобто українсько-московської угоди 1654 р.). Ця поправка вимагала повідомляти царя не після обрання гетьмана, як застережувалося в цій угоді 1654 р., а перед обранням, на яке слід було одержати спеціальний дозвіл царя. Сама процедура на раді мусила проходити обов’язково у присутності царського представника.
Тож із Москви вислали окольничого Богдана Хитрово, який мав скликати нову козацьку раду, яка б санкціонувала обрання гетьмана. Хитрово мусив запевнити Виговського, що метою місії є нібито зміцнення його гетьманської влади, щоб «Військо Запорозьке було у нього в покорі». Але насправді, як випливає із самого царського наказу, він мав завдання зовсім інше — домогтися згоди гетьмана на призначення царських воєвод у Чернігів, Ніжин, Переяслав, Білу Церкву, Корсунь, Полтаву та Миргород і на утримання цих воєвод з «ратними людьми» за рахунок місцевих коштів.
Нова рада відбулася 7 лютого 1658 р. у Переяславі. Вона одноголосно підтвердила обрання Виговського. Козаки високо цінували його діяльність під час війни («голову свою смажив, нас із лядської неволі визволяючи»). Крім питання про воєвод та їх утримання, царські посли від імені царя висунули вимогу про скасування козацького полку в Білорусії, а також зажадали, щоб гетьманський уряд надіслав Швеції ультиматум про примирення з Москвою, погрожуючи розірванням союзницьких відносин зі Швецією. Виговський зі старшиною змушені були погодитися з вимогами Москви. Хитрово прийняв присягу Виговського і вручив йому гетьманську булаву.
Іван Виговський гетьманував усього два роки. Багато часу та зусиль витратив на збройну боротьбу з претендентами на гетьманство, а також на війну з Москвою.
Гетьман І. Виговський зберігав провід над усім козацьким військом, кількість якого (60 тис. чоловік)була визначена договором 1654р., хоча насправді вона досягала майже 100 тисяч. Як і раніше, після гетьмана найвище керівне становище у війську займали генеральний обозний та два генеральних осавули.
Ще Хмельницький виношував план піднести боєздатність армії шляхом створення найманих частин із німців, сербів, татар з іншою військовою організацією. Виговський зробив спробу організувати регулярне наймане військо. На військову службу було прийнято чимало сербів, залучено шведських військових інструкторів і техніків.
Гетьманською резиденцією за Виговського лишався Чигирин. Туди приїхала й дружина гетьмана Олена з маленьким сином Остапом. Вона була дочкою українсько-білоруського православного шляхтича, сенатора і новоградського каштеляна Богдана Стеткевича, який родичався з князями. За переказами, батьки не хотіли віддавати Олену «за козака». Виговський викрав дівчину за її згодою з рідного дому й повінчався з нею в Києві в 1656 р.
Слід зазначити, що рідні Олени Виговської були ревнителями православ’я. Так, її батько заснував Кутеїнський православний монастир, був покровителем Києво-Могилянської колегії. Брати Олени (рідний — Михайло, високоосвічена людина, фундатор Борколабівського монастиря, двоюрідний — Юрій) приєдналися у свій час до Богдана Хмельницького і брали участь у Визвольній війні. За це польський король Ян-Казимир конфіскував у Михайла Стеткевича його маєтності в Пінському повіті. Сестра Олени була дружиною шляхтича Івана Суходольського — помічника білоруського полковника Івана Нечая, брата славнозвісного Данила Нечая — сподвижника Богдана Хмельницького.
Олена Стеткевичівна була другою дружиною Івана Виговського. Про його перший шлюб відомо дуже мало. Джерела середини 50-х рр. XVII ст. свідчать, що дочка Івана Виговського Мар’яна була одружена з Михайлом Гунашевським, який у роки Визвольної війни служив у Генеральній військовій канцелярії, виконуючи дипломатичні доручення гетьмана Б. Хмельницького, пізніше був священиком, склав «Львівський літопис».
Спочатку Виговський не мав наміру розривати союз з Москвою, а лише домагався, щоб вона ставилася до України, як до рівноправної держави. «Нехай Великоросія буде Велико-росією, Україна -Україною, ми є військо непереможне», — так відповів він московському послові на заяву, що нібито Україна — це «гілля, відламане від природного кореня Великороси». Виговський прагнув не допускати втручання Москви у внутрішні справи України, зокрема у військові, фінансові справи й соціальні відносини. Він також гостро виступав проти запровадження царських воєвод із залогами в українських містах.
Виговський домагався, щоб царський уряд тільки гетьмана визнавав репрезентантом найвищої влади в Українській державі.
Московський уряд вдався до підступних дій, намагаючись внести розбрат у середовище старшини й використовуючи для цього гасло всіх диктаторів і поневолювачів: «Розділяй і владарюй». Хитрово, прийнявши на Переяславській раді присягу від Виговського і вручивши йому гетьманські клейноди, тут же подався в Полтаву до полковника Мартина Пушкаря, обдарував його соболями і запевнив у царській до нього милості. Мартин Пушкар претендував на гетьманську булаву і надсилав царю доноси на Виговського. Царський посол запевняв, що Москва воліє бачити на гетьманстві саме його. Пушкар домовився про спільні дії з кошовим отаманом Яковом Барабашем, хоча в боротьбі за гетьманську булаву вони були суперниками. Барабаш також писав доноси на Виговського, бажаючи підтримки Москви; а московський уряд провадив таємні переговори водночас і з Пушкарем, і з Барабашем, підштовхуючи їх до повстання.
Здійснюючи соціальну політику, Іван Виговський спирався тільки на старшину та українську покозачену шляхту, тому передусім сприяв розвитку старшинського і шляхетського землеволодіння. Частина старшини, в руках якої зосереджувалася економічна, політична, адміністративна, судова та військова влада, використовувала своє панівне становище, щоб примушувати селян відбувати «послушенство».
Запроваджувалися чинші та данини. Рядове козацтво було невдоволене тим, що старшина прибирала до своїх рук кращі ґрунти, луки й луги. Спостерігалося розшарування в середовищі самого козацтва: формувалися нібито дві партії — старшинсько-аристократична й козацько-демократична.
Виговський вважав опорою держави саме старшинсько-аристократичну частину українського суспільства. Селянсько-козацьку масу він намагався утримати в покорі адміністративними методами. Відверта підтримка гетьманом панівної старшинсько-шляхетської верхівки обурювала козацтво, міщанство й селянство, в середовищі яких ще не згасли ідеї недавньої спільної переможної боротьби проти чужоземного гноблення та соціальної несправедливості.
Серед нижчих прошарків українського населення розгорнувся рух протесту. Царський уряд втрутився в соціальні протистояння й міжусобну боротьбу старшини за владу, використовуючи ситуацію для встановлення свого панування в Україні.
Барабаш і Пушкар підняли заколот проти законно обраного гетьмана. Пушкар зібрав на Полтавщині так званих «дейнеків» — бездомних і безземельних наймитів, «гультяїв» — робітних людей із промислів. До них приєдналися запорожці на чолі з Барабашем. їх об’єднувала спільна мета — помста старшині, заможним козакам, маєтки і садиби яких вони громили і грабували, а власників убивали.
Виговський марно шукав шляхів мирного порозуміння з опозицією, однак не хотів проливати крові й згодом удався до блокади Запорожжя й Полтави, не допускаючи туди зброї та харчі. На кордонах Запорожжя були поставлені Ніжинський, Чернігівський, Прилуцький та Іркліївський полки. Було дано наказ: хапати і карати на смерть кожного, хто пробирався на Запорожжя.
Однак це не вгамувало повстанців. Заколот поширився на все Подніпров’я. 40 тисяч заколотників на чолі з Пушкарем і Барабашем виступили проти Виговського. Вони розбили направлені гетьманом війська під проводом полковників Івана Богуна та Івана Сербина. Тоді Виговський мобілізував інші полки (20 тисяч козаків), приєднавши до них своїх нових союзників — татар (40-тисячну орду на чолі з Карач-беєм). Полтаву було взято в облогу. 15 травня, через два тижні боїв, бунтівників розбили. З їхнього боку полягло 15 тисяч, у тому числі й Мартин Пушкар. Якова Барабаша повісили, Полтаву спалили. Татари захопили в неволю багато людей. Виговський велів козакам
відбивати бранців. Запорожці втекли під захист московського війська, яке прибуло, щоб стати залогами в Києві, Чернігові та Ніжині. Воєводи злякалися і відступили зі своїми ратними людьми на територію Московської держави. Тільки Шереметєв зумів укріпитися в Києві.
Так розпочалася в Україні кривава братовбивча війна, цього разу вона забрала 50 тис. людських жертв: кільканадцять тисяч полягло в бою; татари, що прийшли на допомогу Виговському, вивели з Лівобережжя багато ясиру. Почався розпад збройних сил України. Порушилася їхня монолітність: вперше козацькі полки воювали один проти одного. Ситуація, що склалася, певною мірою була наслідком підступної, дворушницької політики Москви, яка, розпалюючи громадянську війну, використовувала її у своїх цілях. Агенти Москви нав’язували думку, що слід обмежувати владу гетьмана й старшини, посадити в містах царських воєвод, віддати Україну цілковито під владу царя, який нібито тільки і спроможний захистити народ. Намагаючись ослабити Українську державу, прискорити перетворення України в свою провінцію, царський уряд підтримував опозицію, спрямовану проти законно обраного гетьмана, спочатку потаємно, а потім і відверто надавав їй допомогу військовою силою.
Виговський на гіркому досвіді переконався, що, незважаючи на його лояльне ставлення до Москви, союз з нею веде його особисто, а головне — Україну до згуби. Гетьман вирішує розірвати союз із Москвою.
Виговського підтримала більшість козацьких полковників зі своїми полками, а також генеральна старшина. Вони добре розуміли антиукраїнську політику Москви. Це були освічені люди, які прославилися в минулому в боротьбі українського народу проти поляків: генеральний суддя Самійло Богданович-Зарудний, генеральний осавул Іван Ковалевський, генеральний писар Іван Груша, обозний Тиміш Носач, полковники — Григорій Лісницький, Павло Тетеря, Петро Дорошенко, Іван Богун, Іоаникій Силич, Герман Гапонович, Остап Гоголь, Михайло Зеленський, Михайло Ханенко, Нестор Морозенко, Іван Лизогуб, Федір Лобода, Іван Вертелицький, брати Виговського — Данило (чоловік доньки Богдана Хмельницького Катерини), Костянтин та Федір і їхній дядько — овруцький полковник Василь та небіж Ілля Виговський.