Виховані на поняттях політичної свободи, старшина і козаки з острахом приглядалися до суворого московського абсолютизму, брутальних і жорстоких звичаїв, нетерпимості та релігійного фанатизму. їх лякала перспектива обернутися на «царських холопів», позбавлених будь-яких політичних прав, і залежати виключно від милості самодержця. Проте чимало старшин усе ж трималися Москви.
Заодно з патріотично настроєною старшиною стояло і духовенство, яке опиралося домаганням Москви скасувати давній звичай соборноправності виборності в Українській православній церкві — вільними голосами обирати нового митрополита і всіх архієреїв, а також спробам царського уряду підкорити Українську Церкву московському патріарху.
Міщани також відстоювали незалежність України. Вони вже почали відчувати на собі наступ Москви на Магдебурзьке та інші надані їм права.
Виговський зі старшиною виступили з міжнародним маніфестом, пояснюючи в ньому причини, що призвели до повного розриву з Москвою.
У маніфесті спочатку декларувалося, що з Польщею Україна (використовувався термін «Військо Запорозьке» як визначення Української держави) воювала тільки для здобуття волі й захисту Православної Церкви, для чого й укладалися союзи з кримським ханом та шведським королем: «Ми, все Військо Запорозьке, заявляємо і свідчимо перед Богом і цілим світом цією нашою невинною і чистою маніфестацією, що великі війни, ведені з Польщею, не мали ніякої іншої мети, як тільки оборону святої Східної Церкви й прадідівської свободи, якої любов’ю ми держимся. Її провадив вічної пам’яті наш гетьман Богдан Хмельницький і канцлер наш Іван Виговський,., Москва готує нам ярмо неволі насамперед внутрішньою громадянською війною, а далі відкрито своєю власною зброєю, без усякого приводу з нашого боку». Наприкінці в маніфесті зазначалося, що не українці несуть відповідальність за нову війну, яка вже розпочалася, і що козаки та старшина «примушені підняти законну оборону та вдатися до сусідів із проханням про допомогу для своєї свободи».
Оскільки Швеція, про союз із якою домовлявся ще Богдан Хмельницький, на той час припинила війни й пізніше формально замирилася з Москвою та Польщею, Виговський зі старшиною, а також вище православне духовенство з київським митрополитом Діонісієм Балабаном прийняли пропозицію про союз із Польщею, яка, будучи ослаблена майже безперервними війнами, знову намагалася приєднати Україну, обіцяючи їй самостійність у межах Речі Посполитої.
6 вересня 1658 р. під містом Гадячем було укладено українсько-польську угоду про державно-федеративний союз. За Гадяцькою угодою Україна в межах воєводств Київського, Чернігівського і Брацлавського мала входити на рівних правах як незалежне Велике князівство Руське у федерацію з Польщею і Литвою на чолі із спільно обраним королем. Гадяцький трактат формально не був спрямований проти Москви, навпаки, вона могла бути прийнятою до федерації як її четвертий незалежний член. Фактично ж Гадяцька угода денонсувала (скасовувала) українсько-московський договір 1654 р.
Цар вирядив в Україну велике військо під проводом князя Трубецького. Громадянська війна в Україні переросла в українсько-московську війну.
Гетьман спробував вигнати воєводу Шереметьєва та його ратників із Києва, послав проти нього військо на чолі зі своїм братом Данилом. У його складі був і Богун зі своїм полком. Вони мусили з’єднатися з київським полковником Павлом Хмельницьким. Але воєвода дізнався про наступ, вийшов з київської фортеці проти козаків і розгромив їх під Києвом.
Наприкінці серпня 1658 р. Виговський перейшов кордон з Московією, але затримався на місяць через облогу Кам’янського. Союзники-татари вчинили напад на Недригайлів та Цареборисів, а потім повернули на Крим. Полковник Іван Нечай розбив царські війська на Стародубщині, поблизу міста Мглина; глухівський сотник Пилип Уманець узяв в облогу загін царських військ під Новгородом-Сіверським.
Тим часом воєвода Ромодановський встиг об’єднатися з величезною армією князя Трубецького, і рано навесні 1659 р. більш як 100-тисячна армія під проводом О. Трубецького, Г. Ромодановського, С. Пожарського, Ф. Куракіна та С. Львова вирушила в Україну, руйнуючи все на своєму шляху.
З московським військом йшов Іван Безпалий з козаками. Під містечком Срібним Петро Дорошенко з козацьким загоном спробував затримати це величезне військо, але безуспішно. Сам ледве врятувався. Князь Пожарський звелів вирізати всіх до одного людей у Срібному.
Протягом 70 днів, починаючи з 21 квітня 1659 р., ніжинський полковник Григорій Гуляницький із 5-ма тисячами козаків свого та Чернігівського полків витримували облогу 100-ти-сячного московського війська в Конотопі.
Успішна довготривала оборона Григорієм Гуляницьким Конотопа дала змогу Іванові Виговському виграти час і зібрати військові сили: козацькі полки, наймані війська (серби, поляки, німці, волохи), польські корогви під проводом Андрія Висоцького (загалом 60 тисяч вояків). На підмогу Виговському прибув кримський хан з 40-тисячною ордою.
Битва відбулася 28-29 червня під селом Шаповалівка поблизу річки Соснівки, за 15 верст від Конотопа. Іван Виговський, який пройшов полководницьку школу Богдана Хмельницького, застосував у Конотопській битві його стратегічні й тактичні прийоми, однак не сліпо копіюючи, а враховуючи загальну обстановку, характер місцевості, стан і особливості ворожих сил та інші фактори, тобто показав себе визначним полководцем.
Розгром царського війська був цілковитий: полягло ЗО тисяч чоловік. 15 тисяч, серед них 50 воєвод, були взяті в полон. Майже повністю загинула важка московська кіннота. Трубецькой з частиною війська, що стояла під стінами Конотопа, відбиваючись від козаків і татар, відступив до Путивля, де й сховався. Вдалося втекти й воєводі Ромодановському.
Українське військо втратило чотири тисячі козаків, татари — 6 тисяч ординців.
Тремтіла царська столиця Москва, над якою нависла загроза завоювання її українським козацьким військом. Виговський після переможної битви під Конотопом очистив від ворогів
Ромни, Лохвицю та інші міста й мав намір іти на Москву, пцоб закінчити там війну й вирвати Україну із царських лабет.
Та раптом кошовий отаман Іван Сірко із запорожцями завдав удару ногайським улусам, заподіявши їм великих збитків. Хан залишив Виговського і зі своїми ордами повернувся додому. Виговський без татар не міг продовжувати наступ на Москву.
Тим часом київські воєводи Шереметьєв і Борятинський відновили військові рейди з Києва. Данило Виговський з козаками, яких гетьман послав відвоювати Київ, удруге зазнали невдачі. Активізувалася опозиція, основу якої складала старшина лівобережних полків на чолі з Василем Золотаренком (братом третьої дружини Богдана Хмельницького), Якимом Сомком (дядьком Юрія Хмельницького) та Ти-мошем Цюцюрою. Вони організували змову проти гетьмана Виговського й висунули на гетьманство Юрія Хмельницького.
Змовники використали невдоволення значної частини українського суспільства Гадяцькою угодою і підняли повстання проти Виговського.
Повстання почалося в Переяславі, який захопив Тиміш Цюцюра. Він викликав поодинці прихильників Виговського і кожного страчував. Після цього заколотники зненацька оволоділи Ніжином, скориставшися від’їздом Григорія Гуляницького до Корсуня. Там за годину знищили всіх прихильників Виговського і п’ять польських хоругов. На черзі був Чернігів. Повстання охопило значну частину Лівобережної та Чернігово-Сіверської України.
Змовники закликали на Україну Трубецького з рештками його армії. Він зібрав свої полки і з’явився з ними на Лівобережжі.
Івану Виговському вдалося врятуватися від змовників, які хотіли його вбити. Від нього поступово відходили лівобережні козацькі полки. Тільки в гетьманській столиці — Чигирині — невелика залога під проводом Гуляницького охороняла дружину Виговського Олену із сином. У Смілі переховувалася дружина Данила Виговського. Гетьман спробував звернутися до ради, яка зібралася в Германівці на Київш;ині 11 вересня 1659 р. Але це була «чорна» рада, де головну роль відігравали козацькі низи. Виговський мусив вдатися до втечі.
Значна частина гетьманського війська перейшла на бік Юрія Хмельницького. З Іваном Виговським залишилися тільки його наймані війська й поляки. Братів Сулиму та Вереіцаку, яким гетьман звелів прочитати на раді Гадяцькі пакти, козаки зарубали. Рада розійшлася й зібралася через деякий час у Жердеві, поблизу Канева, вже без Виговського. Гетьманом обрали Юрія Хмельницького. Виговський добровільно передав булаву й бунчук його посланцям — полковникам канівському Лизогубу й миргородському Лісницькому — зі словами: «Я не для себе її (булаву) тримав». Але висунув при цьому умову, щоб його дружину Олену Виговську з маленьким сином Остапом випустили з Чигирина.
На той час царська армія загарбала все Лівобережжя. Юрій Хмельницький, якого знову було обрано гетьманом, потрапив фактично в становище заручника Трубецького й мусив прийняти так звані Переяславські статті, в яких, крім інших обмежень української державності, встановлювався контроль царя над військовими справами козацтва. Крім того, обмежувалися влада гетьмана і права старшинської адміністрації.
Майже всіх родичів Виговського заарештували. Братів Данила, Василя, Юрія та небожа Іллю забрали спочатку до Москви, а потім заслали в Сибір. Данило Виговський по дорозі, в Калузі, не витримавши мордувань, помер. Сам Іван Виговський опинився в Білій Церкві.
Переяславські статті 1659 р. викликали гостре незадоволення козацтва та обурення серед старшини, значна частина якої після цього відійшла від Москви, зокрема й деякі найбільші її прихильники. Утвердившись на Лівобережжі, царський уряд поставив за мету анулювати Гадяцьку угоду і продовжити експансію на Правобережну Україну. Він направив туди, на порушення Віденської угоди з Польщею, 20-тисячну добре озброєну й вимуштрувану чужоземними офіцерами армію під проводом Василя Шереметєва і 20-тисячний козацький корпус під командуванням полковника Цюцюри. Гетьман Юрій Хмельницький з 30-тисячним козацьким військом мусив до них приєднатися по дорозі.
Поляки оточили Шереметєва під містечком Любарем. Після кількаденних боїв Шереметєв відійшов до Чуднова, де його війська були взяті в облогу. Юрія Хмельницького атакували під Слободищами. Козаки відбили атаки, і тоді польський гетьман Юрій Любомирський запропонував переговори. Старшина охоче пішла на них. Тут-таки, в полі, уклали Слободипданський трактат.
Разом з польськими військами під Слободищами, а потім під Чудновим був і Виговський із двома полками. Він не втрачав надії реалізувати Гадяцьку угоду, однак хоч вона й лягла в основу Слободищанського трактату, але без засадницьких статей, якими визначалося автономне, рівноправне з Польщею «Велике князівство Руське» і забезпечувалася самостійність України.
Король щедро обдарував Івана Виговського, настановив його київським воєводою та сенатором і подарував два староства (Любомль на Волині з 25-ма селами та Барське на Поділлі, до якого входило ЗО сіл і місто-фортеця Бар) та маєтність у Галичині, поблизу Жидачева, із селами Руда-на-Стриї, Волиця й Кохавина.
До Виговського нарешті повернулася дружина із сином Остапом. Спочатку вони оселилися в Руді-на-Стриї, а потім перебралися в інший свій маєток у Барі, ближче до козацької України. Іван Виговський не хотів бути осторонь політичного життя, уболівав за долю рідного краю.
Україна тоді вже фактично була поділена на дві частини — Лівобережну і Правобережну. Кожна з них мала свого гетьмана. На Лівобережжі гетьманував демагог і царський прислужник Іван Брюховецький, який сам просив царя надіслати воєвод, а на Правобережжі — Павло
Тетеря, який, домагаючись булави, умовив Юрія Хмельницького зректися гетьманства і зайняв посаду правобережного гетьмана під егідою Речі Посполитої. На козацькій раді в Чигирині підкуплена Тетерею старшина обрала його гетьманом, а король затвердив це обрання.
Павло Тетеря використовував своє становище передусім для збагачення й відзначався безмежним егоїзмом та жорстокістю. Народ його ненавидів. В особі Івана Виговського Павло Тетеря вбачав суперника й ворога, претендента на правобережне гетьманство, хоча колись удавав із себе його приятеля, однодумця. Вони були навіть родичами: сестра Виговського була дружиною Тетері. Після її смерті Тетеря одружився з Оленою, дочкою Богдана Хмельницького, вдовою брата Виговського — Данила. Між Іваном Виговським і Тетерею виникли гострі майнові суперечки.
Наприкінці 1663-1664 рр. польський король востаннє спробував захопити Лівобережну Україну. Польські коронні й наймані війська та козацькі полки очолив тоді Тетеря. Однак Польща не досягла своєї мети.
Виговський не втручався в антипольське повстання, яке розгорнулося на Правобережжі. Хоча пізніше на допиті один з керівників повстання Сулимка зізнався, що ініціатором «всіх нинішніх бунтів в Україні був небіжчик пан Виговський». Польські магнати і шляхта недолюблювали Виговського. їм не до вподоби були український патріотизм колишнього козацького гетьмана, його ідея самостійної України.
На початку березня 1664 р., перебуваючи у Фастові, воєвода Виговський видав універсал, у якому скликав шляхту Київського воєводства на сеймик до Житомира. Однак розіслані Тетерею листи із звинуваченням Виговського в тому, що він нібито був організатором повстання на Правобережжі проти Польщі й таємно підтримував московського царя, зробили свою справу. Шляхта скрізь уже поширювала чутки, що Іван Виговський — зрадник.
Тетеря разом із польським полковником Маховським заманили Виговського до Корсуня. З кількома своїми прибічниками вони нібито скликали військову раду й засудили Виговського до страти. Він намагався спростувати сфальсифіковані звинувачення, довести, що їхній вирок беззаконний і безпідставний, що його, як воєводу й сенатора, мають судити тільки король та сенатори.
Але все було даремно. Йому не дозволили написати королю, не виконали навіть прохання дати можливість умерти, як годиться християнинові, й не прислали православного священика, щоб він міг висповідатися і причаститися. Коли на світанку 9 березня 1664 р. прийшли по нього, він читав акафіст Пресвятої Богородиці. Його витягли з хати й на порозі розстріляли. Лиходійний вчинок викликав обурення міщан і козаків Корсуня. Маховський мусив тікати з міста.
Дружина Виговського з великими труднощами добула тіло свого чоловіка й поховала його в скиті Руди Гніздичевської, у склепі Хрестовоздвиженської церкви. Через три місяці вона померла, заповівши поховати її поруч із чоловіком.
Іван Виговський був однією з найвидатніших особистостей в історії України козацької доби, найближчим помічником Богдана Хмельницького в розбудові Української держави. Ставши гетьманом, він не зміг утриматися на державницькому рівні свого геніального попередника. Патріот України, Іван Виговський прагнув прислужитися їй, але запропонований ним шлях розвитку не відповідав тодішнім історичним умовам і не дістав підтримки українського народу.