П’ятибанний храм у Ніжині являє собою класичний, хрестоматійний зразок козацької архітектури періоду становлення українського бароко. В основі його композиційного рішення лежить прямий перенос традицій національної дерев’яної архітектури на кам’яний «субстрат».
Храм утворений центральним восьмигранним об’ємом, навколо якого згруповано чотири масивних рамена; у результаті план церкви набуває вигляду хреста. Всі п’ять об’ємів храму увінчані монументальними восьмигранними куполами. Внутрішній простір гранованих масивів, що формують церкву, злито воєдино за допомогою великих підпружних арок.
У декорі фасадів використані профільовані антаблементи, пілястри, фронтончики, пояси, декоративні ніші, чотири- та восьмипелюсткові вікна- рози. Лиштви вікон мають риси наришкінського бароко: вони прикрашені триарковими сандриками та колонками у вигляді гірлянд.
Миколаївську церкву було збудовано коштом козацької старшини під проводом ніжинського полковника Івана Золотаренка, героя «Конотопської відьми» Г. Квітки- Основ’яненка. В цьому храмі в 1663 р. прийняв гетьманську булаву висуванець незаможних козаків Іван Брюховецький (прав. 1663-1665 рр.), обраний на знаменитій Чорній раді. Саме з його обрання почався відлік епохи, що отримала назву «Руїна»